Obok automatycznego generowania dokumentów realizujących zamówienie dostępne jest też ręczne jego rozliczanie w oparciu o dokumenty wystawione niezależnie od zamówień. Rozliczanie to może mieć tylko miejsce dla pozycji zamówienia nie w pełni zrealizowanych a rozliczać je mogą tylko pozycje faktur (DSP) lub zamówień (DWZ), które nie zostały rozliczone w innym zamówieniu. Funkcja ta umożliwia tworzenie powiązań między dokumentami a także zmianę stanu realizacji zamówienia.
Rysunek 1953. Ręczne rozliczanie zamówień