Krajowy System e-Fatur - To czy dany użytkownik ma prawo do funkcjonalności KSeF określane jest w uprawnieniach, w oknie Użytkownik. Dostępne są prawa:
•Ustawienia własne – prawo do zmiany własnych ustawień w obszarze KSeF,
•Ustawienia ogólne – prawo do zmiany systemowych ustawień KSeF i konfigurowania obszaru dla innych użytkowników,
•Dokumenty przychodzące – prawo do pracy nad dokumentami przychodzącymi obszaru KSeF,
•Dokumenty wychodzące - prawo do pracy nad dokumentami wychodzącymi obszaru KSeF.
Jeśli użytkownik ma nadane prawa do ustawień ogólnych, to w oknie Użytkownik, na zakładce Dane podstawowe widoczna jest opcja 
.
Uruchomienie tej opcji podnosi okno Ustawienia obszaru KSeF (Krajowy System e-Faktur). Można również je uruchomić klikając ikonę 
na oknach Krajowy System e-Faktur - Dokumenty wychodzące/Dokumenty przychodzące. W pojawiającym się oknie należy uzupełnić/zweryfikować następujące dane:
●Wybierz, jakie ustawienia chcesz edytować – lista rozwijana umożliwiająca wybór edycji ustawień dla organizacji (Ustawienia ogólne systemowe) lub zalogowanego użytkownika (Ustawienia ogólne dla użytkownika),
●NIP – numer NIP podmiotu 'wysyłającego dokumenty do/pobierającego dokumenty z' platformy KSeF,
●Tryb – tryb bramki KSeF. Dostępne są trzy tryby: (Test, Demo lub Prod (bramka produkcyjna),
●Pauza – interwał czasowy pomiędzy wysyłaniem dokumentu a zamknięciem sesji (w sekundach),
●Rodzaj autoryzacji – sposób autoryzacji w serwisie (certyfikat w Magazyny Windows lub certyfikat z profilu ERP, lub token),
●Sposób wysyłki (1 - wysyłka pojedynczego dokumentu bez szyfrowania, 2 – wysyłka paczki z szyfrowaniem),
●Automat statusów – okres automatycznego sprawdzania statusów dokumentów KSeF (0 - wyłączone, 5..60 - okres w minutach),
●Wersja struktury XML – z listy rozwijanej wybieramy wersję struktury dla pliku wychodzącego XML; możliwe wartości FA(2) lub nowa wersja schemy FA(3),
●Wersja API – z listy rozwijanej wybieramy wersję struktury pliku API (1.0 lub 2.0). Parametr może być definiowany dla wszystkich użytkowników lub dla pojedynczego użytkownika (w zależności od nadanych praw).
Na oknie dostępny jest również Edytor tokenów i certyfikatów KSeF 
. Kliknięcie w przycisk podnosi okno do edycji tokenów i certyfikatów KSeF.