Do generowania faktur zaliczkowych służy odrębna akcja dostępna z paska narzędziowego dla zamówienia od odbiorcy, która otwiera okno z parametrami dla utworzenia faktury zaliczkowej.

Tymi parametrami są typ dokumentu sprzedaży (dostępne są tylko typy faktur zaliczkowych) oraz pozycje w poszczególnych stawkach VAT dla wprowadzenia opisów zaliczek oraz kwot brutto zaliczek. Na podstawie tych danych tworzona jest faktura zaliczkowa, której pozycje są pozycjami typu agregat z powyższymi danymi. Dopuszcza się wiele zaliczek dotyczących jednego zamówienia.

Wygenerowana faktura zaliczkowa ma status Roboczy i jest widoczna na oknie Lista dokumentów sprzedaży.

Fakturę zaliczkową można korygować. Wywołanie tej korekty jest takie samo, jak zaliczki. Należy wybrać na oknie Zamówienia do odbiorców - lista istniejącą dla danego zamówienia zaliczkę i podać kwotę po korekcie. Generowana korekta będzie od razu miała status Zatwierdzone. Podczas rozliczania danej zaliczki przez fakturę sprzedaży będzie brany od razu stan po wszystkich ewentualnych korektach.

Dla faktury zaliczkowej i jej korekty przewidziano odrębne szablony wydruku, uwzględniające aktualne wymogi Ustawy w tej kwestii. Oprócz danych o wpłaconej zaliczce zawiera on także specyfikację sprzedawanych towarów i usług wg źródłowego zamówienia oraz dane o poprzednio wystawionych fakturach zaliczkowych, jeśli takie faktury występują. Faktura zaliczkowa może być zafiskalizowana, podobnie jak paragon fiskalny.

Na podstawie zamówienia wystawiana jest też faktura sprzedaży, która rozlicza wcześniej wpłacone zaliczki. W przypadku, gdy zaliczki całkowicie rozliczają sprzedaż, ustawowo nie ma wymogu wystawienia takiego dokumentu, niemniej jednak dla kompletności zestawień sprzedaży w systemie a także ułatwienia zadekretowania sprzedaży, w systemie SIMPLE.ERP jest on zalecany.

Zwykła faktura sprzedaży generowana jest z zamówienia wg dotychczasowych reguł czyli zawiera pozycje typu towar, usługa lub komplet, ale dodatkowo jest sprawdzenie, czy zamówienie odwołuje się do faktur zaliczkowych. O stanie rozliczenia informuje dodatkowe okno otwierane na żądanie.

Jeśli faktura jest jeszcze nie zatwierdzona, kwoty zaliczki przewidziane do rozliczenia mogą zostać zmienione przez operatora. Wówczas w powyższym oknie dostępna jest edycja kwoty do rozliczenia, a także dostępne są przyciski do anulowania ręcznego rozliczania i ponownego naczytania kwoty do rozliczenia. Przed zatwierdzeniem takiej faktury jest komunikat, że są zaliczki, które zostaną rozliczone, z możliwością kontynuacji lub rezygnacji.

Jeśli zatwierdzanie jest kontynuowane, kwota rozliczanej zaliczki w stawce VAT umieszczana jest jako dodatkowa nieedytowalna pozycja na fakturze zwykłej (jest to pozycja typu agregat z flagą „zaliczka" zawierająca ujemną kwotę zaliczki). Kwota automatycznie rozliczanej zaliczki w danej stawce VAT jest wyznaczana jako suma zaliczek w fakturach zaliczkowych w tej stawce minus suma rozliczonych zaliczek w innych fakturach zwykłych wystawionych poprzednio.

Jeśli kwota ta przekracza wartość wystawianej faktury, to jako wartość rozliczanej zaliczki brana jest wartość faktury, jeśli nie, to brana jest wyliczona powyżej kwota tej zaliczki. Jeśli kwota zaliczki wskazana ręcznie do rozliczenia przez daną fakturę dotyczy stawki VAT nie występującej w tej fakturze, zatwierdzenie dokumentu nie będzie możliwe aż do momentu poprawienia danych.

W przypadku zaliczek walutowych, w fakturze rozliczającej zaliczkę dodawana jest jeszcze jedna pozycja – różnica kursowa dla zbilansowania kwot w PLN w sytuacji, gdy zaliczka i faktura wystawione są wg różnych kursów walutowych. Pozycja ta ma tylko znaczenie księgowe, w związku z czym jest pomijana na wydruku faktury dla odbiorcy, a występuje na wydruku faktury eksportowej na potrzeby księgowości.