Faktury wewnętrzne wystawiane są dla celów rozliczenia podatku VAT. Może dotyczyć to następujących przypadków:
–Nabycie wewnątrzwspólnotowe towarów (dotyczy tylko krajów UE)
–Import usług (dotyczy krajów UE i poza UE)
–Dostawa towarów, dla której nabywca jest podatnikiem VAT, przekazanie towarów należących do przedsiębiorstwa na cele nie związane z jego prowadzeniem, podobnie nieodpłatne świadczenie usług, zwrot dotacji itp. Dostawa dokonana przez podatnika nie posiadającego siedziby na terytorium kraju.
Dla obsługi dwóch pierwszych przypadków należy wprowadzić dwie faktury: fakturę od dostawcy dla celów rozrachunkowych i rejestracji towarów w magazynie oraz fakturę wewnętrzną dla naliczenia VAT należnego. W obu typach faktur powinny być wskazane atrybuty VAT z właściwymi wyróżnikami: dla pierwszego przypadku - „Nabycie z kraju UE", dla drugiego przypadku - „Import", dla trzeciego przypadku – „Nabywca podatnikiem".
Rysunek 1969. Definiowanie atrybutu VAT
W SIMPLE.ERP fakturę wewnętrzną wprowadza się jako dokument zakupu, który w typie ma zaznaczoną flagę „Czy naliczać VAT należny". Zaznaczenie tej flagi powoduje, że z tego dokumentu będzie wygenerowany zapis do rejestru sprzedaży (czyli zarejestrowanie VAT należnego). Oprócz tego faktura wewnętrzna powinna także generować zapis do rejestru zakupu (w przeciwieństwie do pierwotnej faktury od dostawcy), czyli w definicji typu tego dokumentu należy zaznaczyć flagę „Rejestr VAT".
Rysunek 1970. Typy dokumentów zakupu
Faktura wewnętrzna jest wystawiana na dostawcę zagranicznego (w polu „identyfikator obcy" można powołać się na jego fakturę) i jest w niej wyliczany VAT wg stawek polskich. Dostępny jest dla niej odrębny szablon wydruku.
Uwaga
Aby uniknąć podwójnego generowania tych samych danych o towarze do deklaracji Intrastat z faktury od dostawcy i z faktury wewnętrznej, należy w jednych z typów obsługujących te faktury zdjąć flagę „Generować dane do Intrastat".
Faktura wewnętrzna może być automatycznie wygenerowana z faktury dostawcy (przycisk 
na pasku narzędziowym aktywny dla zatwierdzonej faktury od dostawcy).
Dla obsługi trzeciego przypadku wystawiana jest tylko faktura wewnętrzna.